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我校原名琴江小学，创办于一九二八年，当时，校址设在祖师殿，学生二十几人，学资由关税收入支付。一九三○年，校址迁至上衙门。一九三八年，称区立小学，发展至三班，在校学生七十三人 ，教员四人，校长龚国光。一九四二年，更名琴江乡中心小学。

一九四九年二月，三门解放，人民政府接管学校。这年秋，更名健跳小学。一九五一年，更名为六敖区第二中心小学。一九五四年，更名为健跳乡中心小学。一九五八年，更名为健跳公社中心小学。一九六一年秋并大区，更名为健跳区中心小学，发展至七班，在校学生三百四十五人，教师十三人。翌年，更建戚公祠为校舍。一九六三年秋，分设辅导区，复称健跳公社中心小学。一九八三年健跳改镇，更名健跳镇中心小学，直属县教育局管。翌年秋，复并六敖区，一九八九年秋，县局定我校为六敖区中心小学，教职工三十七人。

二○○○年，中心校下属学校开始撤并，二○○四年，岙口中学撤并，校舍归小学所有，自此，健跳镇中心小学分港北、港南两个校区。

2006与2007两学年，学校连续获教育质量进步显著奖，并先后被评为“市关心下一代先进集体”、“市绿色学校”、“市平安校园”、“市留守儿童之家”、“市艺术教育特色学校”等荣誉称号。

如今，我校已是一所环境幽雅、内涵深厚、校风纯正、质量高、特色鲜明的品牌学校。